ソフトウエア

PAL2NAL (リンク先:http://www.bork.embl.de/pal2nal/
同義置換・非同義置換を計算するためのコドンアライメントを作成するプログラムです。多くの研究者に使用されており、すでに300件以上の論文に引用されています。
2つの入力ファイルが必要です:
  1. アミノ酸配列のアライメント
  2. cDNAの配列
下記の論文を引用して下さい:
Suyama M, Torrents D, Bork P,
PAL2NAL: robust conversion of protein sequence alignments into the corresponding codon alignments.
Nucleic Acids Res. 34, W609-W612 (2006).
(link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16845082)
DomCut (リンク先:http://www.bork.embl.de/~suyama/domcut/
アミノ酸配列中でドメインとドメインの境界となっている部位(リンカー領域)を予測するプログラムです。入力はアミノ酸配列です。配列に沿って得られた波形(プロファイル)で谷に相当する部分が、リンカーと予測された部分です。
下記の論文を引用して下さい:
Suyama M, Ohara O,
DomCut: prediction of inter-domain linker regions in amino acid sequences.
Bioinformatics 19, 673-674 (2003).
(link: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12651735)